顯然，CT值取決于域值。域值的量化定義是基線范圍內熒光信號強度標準偏差的10倍。實驗操作中，域值范圍定義是從第3個循環起到CT值前3個循環止，其終點要根據每次實驗的具體數據調整(前2個循環熒光信號太弱，扣除背景后的校正信號往往波動比較大；而在CT值前3個循環大多數情況下熒光信號已經開始增強，超過了基線高度)。從圖1的重復實驗中可以直觀地看到，隨著PCR反應過程，熒光信號從基線經一個轉折點進入指數期、線性期和終的平臺期，盡管平臺期DNA拷貝數波動很大，CT值卻是相對固定的。如果用不同濃度模版DNA作PCR，可以看出模版濃度越高，CT值越小。模版濃度每增加1倍，CT值減小1個循環。CT值與模板DNA的起始拷貝數成反比。這一結論可以從數學上嚴格證明。利用已知起始拷貝數的標準品可作出標準曲線，因此只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數。　　　　

 

    模板定量可分為相對定量和定量。定量指的是用已知量的標準品作標準曲線來推算未知的樣本的量。質粒DNA常作為定量標準品的制備之用。標準品的量可根據260nm的吸光度值并用DNA或RNA的分子量來轉換成其拷貝數來確定。相對定量指的是在樣本中目標序列相對于另一參照樣本的量的變化。即參照物是1*的樣本，其它的樣本為參照物量的n倍。可以通過標準曲線法或者比較CT法進行相對定量，前者和定量相似，后者運用了數學公式來計算相對量，前提是假設每個循環增加一倍的產物數量，在PCR反應的指數期得到CT值來反應起始模板的量，一個循環（CT=1）的不同相當于起始模板數2倍的差異。但是此方法是以靶基因和內參照的擴增效率基本一致為前提的，效率的偏移將影響實際拷貝數的估計。　　　　

 

    無論定量還是相對定量，在得到實驗結果后，還要考慮數據之間的可比性問題。在實驗操作中，取樣都是以體積或重量為單位的，但是同樣體積或重量的樣本所來源的細胞數目并不一樣，所以拷貝/μL或拷貝/ng的定量數據相互之間實際上并不可比。只有將這些數據歸一到以拷貝/細胞或拷貝/基因組為單位后，才可進行嚴格意義上的比較。這種校正可以通過適當的參比來完成。參比一般選用b-actin、GAPDH、rRNA基因等管家基因。由于它們在細胞中的表達量或在基因組中的拷貝數是恒定的，受環境因素影響較小，其定量結果代表了樣本中所含細胞或基因組的數量。為了減少誤差，目標基因和參比基因好在同一反應管內同時進行定量測定，所以這種對照稱為陽性內對照(InternalPositiveControl，IPC)。要進行IPC歸一化校正，定量PCR儀必須具備多色檢測能力，好是4色。否則，目標基因和參比基因只能分兩管作定量，就不成其為“內”標了。

 

    定量實驗與定性實驗大的不同，是要考慮統計學要求并對數據進行嚴格的校正，以消除偶然誤差。因此重復實驗和設立各種對照非常重要。這一點在實踐中往往被輕視或忽視。定量實驗，誤差是不可避免的。設立重復實驗，對數據進行統計處理，可以將誤差降低到小。所以定量實驗的每個樣本至少要重復3次以上，嚴格的定量更應當重復6～8次，以滿足小樣本統計的要求。如果作定量，則標準曲線需要在5個點以上。標準曲線使用的標準品是濃度已知的DNA樣本，雖然可以自己制備，為標準化以及發表文章起見好購買商品化的標準品。標準曲線的反應條件應當與樣本*一致，以便準確定量。